監察院於100年間立案調查花東鐵路一票難求問題，經完成調查並持續追蹤後，已督促臺鐵檢討改善相關訂票機制。為避免黃牛操縱購票，臺鐵與鐵路警察局合作破獲臉書上刊登「車票代訂」粉絲團；另對訂票紀錄異常資料移請鐵路警察局偵辦，統計103年度查獲總計118件126人，104年1至5月底查獲總計57件57人，2年合計183人。
臺鐵也針對3個月內有3次訂票未取紀錄者，停止受理其訂票6個月，以降低假性需求；並自104年1月12日起，調整退票手續費收取規定，由原每張定額13元，改為依據乘車日期遠近採4階段收取退票手續費，避免不當訂票行為。
為使座位運用更具彈性，臺鐵於乘車前3日內，對於尚有空位的長途座位，自動分散為數個短程區間來發售，例如原臺北－臺東之座位數量有剩餘時，於該時段內旅客有臺北－花蓮之座位需求，電腦系統將自動將臺北－臺東之座位截短為臺北－花蓮及花蓮－臺東兩段座位後，發售座位給予有需求之旅客，其他區段座位情形亦同。